中山大學(xué)中山眼科中心（中山大學(xué)附屬眼科醫(yī)院）的歷史淵源最早可追溯到1835年由美國傳教士醫(yī)師伯駕（Peter Parker）創(chuàng)辦的眼科醫(yī)局——中國最早的西醫(yī)院。

1953年，中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院和嶺南大學(xué)醫(yī)學(xué)院合并成立華南醫(yī)學(xué)院，兩個醫(yī)學(xué)院的眼科合并為華南醫(yī)學(xué)院眼科教研組；1954年，光華醫(yī)學(xué)院眼科也并入華南醫(yī)學(xué)院眼科教研組；1956年，隨著華南醫(yī)學(xué)院更名為廣州醫(yī)學(xué)院，眼科教研組更名為廣州醫(yī)學(xué)院眼科教研組；1957年，又更名為中山醫(yī)學(xué)院眼科教研組。

在此基礎(chǔ)上，1965年10月，陳耀真教授、毛文書教授等創(chuàng)辦成立了中山醫(yī)學(xué)院眼科醫(yī)院，這是第一間中國高等院校附屬眼科醫(yī)院。1983年6月，中山醫(yī)學(xué)院中山眼科中心成立，下設(shè)眼科醫(yī)院、眼科研究所、防盲治盲辦公室，這是我國第一間集醫(yī)療、教學(xué)、科研、防盲治盲于一體的現(xiàn)代化多功能眼科中心。

1985年，更名為中山醫(yī)科大學(xué)中山眼科中心；1997年，中山醫(yī)科大學(xué)眼科視光學(xué)系掛牌成立，中山眼科中心進一步發(fā)展成為所、院、辦、系四位一體的眼科中心；2001年10月，隨著中山大學(xué)與中山醫(yī)科大學(xué)的強強合并，更名為中山大學(xué)中山眼科中心。

中山大學(xué)中山眼科中心臨床研究中心是一個為所有涉及人體的研究提供專門管理和服務(wù)的臨床研究平臺，藥物臨床試驗機構(gòu)為其一個重要組成部分。自1999年獲得“國家藥品臨床研究基地證書”開始，藥物臨床試驗機構(gòu)已經(jīng)成為中國眼科藥物臨床試驗的重要基地，并于2013年3月正式按業(yè)務(wù)科室建制管理、獨立運行，成立為中山大學(xué)中山眼科中心臨床研究中心/藥物臨床試驗機構(gòu)。