1971年，響應(yīng)周恩來總理“加強(qiáng)對(duì)慢支炎及肺心病防治”的號(hào)召，廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院（原廣州第四人民醫(yī)院）成立了“慢支炎防治小組”（團(tuán)隊(duì)研究成果1978年獲得全國(guó)科學(xué)大會(huì)獎(jiǎng)）。1979年“廣州呼吸健康研究院（原廣州呼吸疾病研究所）”在此基礎(chǔ)上成立；并于1994年建成“廣東省呼吸疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”。2003年，全球爆發(fā)的急性重癥呼吸綜合征（SARS，原稱非典型肺炎）促進(jìn)了國(guó)家對(duì)呼吸疾病診治防控的需求。2005年，在鐘南山院士的倡議及與時(shí)任中國(guó)科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院（以下稱‘中科院廣州生物院’）院長(zhǎng)陳凌教授的聯(lián)合努力下，廣州呼吸健康研究院（原廣州呼吸疾病研究所）與中科院廣州生物院在原廣東省呼吸疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ)上獲批建成“廣州呼吸疾病聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室”；并于2006年底向科技部申請(qǐng)籌建“呼吸疾病國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（以下稱‘實(shí)驗(yàn)室’）”。2007年10月實(shí)驗(yàn)室獲準(zhǔn)建設(shè)，2010年6月通過科技部論證驗(yàn)收，正式成為我國(guó)呼吸疾病領(lǐng)域的首個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

實(shí)驗(yàn)室于2011年3月通過了國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室首次評(píng)估，之后不斷發(fā)展壯大：先后建成廣東省過敏性疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、廣東省呼吸醫(yī)學(xué)工程實(shí)驗(yàn)室、生物安全三級(jí)（P3）聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室（與廣東出入境檢驗(yàn)檢疫局共建）、重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室深圳大學(xué)過敏與免疫反應(yīng)分室。

實(shí)驗(yàn)室?guī)?dòng)了其所依托的呼吸學(xué)科及相關(guān)學(xué)科的快速發(fā)展，已建成國(guó)家呼吸疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國(guó)家臨床藥物試驗(yàn)機(jī)構(gòu)（呼吸專業(yè)）及五個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)?？疲ê粑鼉?nèi)科、重癥醫(yī)學(xué)、變態(tài)反應(yīng)疾病學(xué)、腫瘤學(xué)和胸外科）和一個(gè)國(guó)家重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科（中西醫(yī)呼吸）。目前，實(shí)驗(yàn)室已成為集科研、教學(xué)和醫(yī)療于一體的呼吸疾病應(yīng)用基礎(chǔ)研究與臨床防診治研究中心和人才培養(yǎng)基地。